CONFORMATIONAL B–A TRANSITION IN THE MODEL OF DNA MOLECULE WITH ASYMMETRIC DOUBLE­WELL INTERACTION POTENTIAL OF NUCLEOTIDES


Cite this article as:

Zakir’yanov F. К., Fakhretdinov М. I. CONFORMATIONAL B–A TRANSITION IN THE MODEL OF DNA MOLECULE WITH ASYMMETRIC DOUBLE­WELL INTERACTION POTENTIAL OF NUCLEOTIDES. Izvestiya VUZ. Applied Nonlinear Dynamics, 2010, vol. 18, iss. 1, pp. 80-87. DOI: https://doi.org/10.18500/0869-6632-2010-18-1-80-87


In this paper we consider a modified Peyrard–Bishop model with asymmetric double­well interaction potential of nucleotides and dissipation. It is shown that at the certain value of dissipation coefficient the model solution takes the form of a kink. In terms of DNA molecule it describes the transition between two stable conformational states of DNA molecules – B–A transition.

DOI: 
10.18500/0869-6632-2010-18-1-80-87
Literature

1. Албертс Б., Брей Д., Льюис Дж. Молекулярная биология клетки. В 2 т. M.: 1994.

2. Иванов В.И. А-ДНК // Соросовский образовательный журнал. 1998. No 1. C. 2.

3. Давыдов А.С. Солитоны в молекулярных системах. Киев: Наук. думка, 1984. 287 с.

4. Волков С.Н. Нелинейные волны и конформационная подвижность ДНК. Киев, 1984. 36 с. (Препринт АНУССР. Ин-т теор. физики: No 52Р).

5. Волков С.Н. О возможности распространения нелинейных волн в ДНК // Проблемы нелинейных и турбулентных процессов в физике. Киев: Наук. думка, 1985, ч. 1. С. 161.

6. Khan A., Bhaumic D. and Dutta-Roy B. The possible role of solitonic process during A to B conformational changes in DNA // Bull. Math. Biol. 1985. Vol. 47. P. 783.

7. Волков С.Н. Развитие нелинейной конформационной динамики ДНК // Биополимеры и клетка. 1990. Т. 6, No 4. С. 21.

8. Пономарев В.О., Шиховцева Е.С. Механизм В →А перехода в молекуле ДН К с упругим взаимодействием между сахарами и азотистыми основаниями // Био- физика. 2000. Т. 45, вып. 1. C. 27.

9. Якушевич Л.В. Нелинейная физика ДНК // Москва; Ижевск: Ин-т компьютерных исследований; Регулярная и хаотическая динамика, 2007. 250 с.

10. Zdravcovic S., Tuszynski J.A., Sataric M.V. Peyrard–Bishop–Dauxois model of DNA dynamics and impact of viscosity // Journal of Computational and Theoretical Nanoscience. 2005. Vol. 2, No 2. P. 1.

Status: 
одобрено к публикации
Short Text (PDF): 
Full Text (PDF): 

BibTeX

@article{Закирьянов -IzvVUZ_AND-18-1-80,
author = {F. К. Zakir’yanov and М. I. Fakhretdinov},
title = {CONFORMATIONAL B–A TRANSITION IN THE MODEL OF DNA MOLECULE WITH ASYMMETRIC DOUBLE­WELL INTERACTION POTENTIAL OF NUCLEOTIDES},
year = {2010},
journal = {Izvestiya VUZ. Applied Nonlinear Dynamics},
volume = {18},number = {1},
url = {https://old-andjournal.sgu.ru/en/articles/conformational-b-transition-in-the-model-of-dna-molecule-with-asymmetric-doublewell},
address = {Саратов},
language = {russian},
doi = {10.18500/0869-6632-2010-18-1-80-87},pages = {80--87},issn = {0869-6632},
keywords = {DNA,conformational transitions,nonlinear waves.},
abstract = {In this paper we consider a modified Peyrard–Bishop model with asymmetric double­well interaction potential of nucleotides and dissipation. It is shown that at the certain value of dissipation coefficient the model solution takes the form of a kink. In terms of DNA molecule it describes the transition between two stable conformational states of DNA molecules – B–A transition. }}